環状ペプチドの膜透過性データベースを公開

東京工業大学 情報理工学院 情報工学系の秋山泰教授、柳澤渓甫助教、李佳男博士後期課程学生らのグループは、環状ペプチドの膜透過性に関する実験データを文献等から網羅的に収集した CycPeptMPDBデータベースを構築し、無償公開した。

環状ペプチド創薬で重要となる膜透過性のデータを収載したデータベースはこれまで存在せず、異なる測定方法の間では数値を単純に比較できない等の注意点もあり、専門的なデータベースの構築が望まれていた。CycPeptMPDBは、論文や特許から7334種類の環状ペプチドの膜透過性データを収集した上で、化学構造や三次元配座データ等も統一的な形式で提供している。

環状ペプチドは次世代創薬の主役の一つとして期待されているが、薬剤が細胞内に到達するために必要な膜透過性が一般に低いことが最大の課題となっている。ペプチドを合成して標的への結合親和性などを調べる実験をする前に、膜透過性を予測できれば、後から膜透過性の低さで苦しむことなく、効率的な薬剤候補探索が可能となる。

研究グループは物理化学シミュレーションによる独自の膜透過性予測法も発表しているが、AIを使った予測には大量のデータが必要とされているため、研究分野の発展のために収集したデータを使いやすいデータベースとして無償公開した。当成果は、 Journal of Chemical Information and Modeling （JCIM)誌の電子版に3月17日に掲載された。

詳しくは、下記東工大ニュースをご覧ください。

• 環状ペプチドの膜透過性データベースを公開｜東工大ニュース